По данным следствия, в 2013 году заместитель главы городского округа «Город Якутск» Попов дал незаконное указание подчиненным сотрудникам об уменьшении площади застройки здания школы № 35, предназначенной для обучения инклюзивных детей. Здание школы не построено до сих пор, а незаконно освобожденный земельный участок использовали для строительства частной компанией многоквартирного жилого дома.
Кроме того, по данным следствия, корректировка проектно-сметной документации здания школьного учреждения при отсутствии законных оснований повлекло расходование бюджетных средств на сумму около 1 миллиона рублей.

Следствием получены достоверные данные о том, что после начала совместной проверки прокуратуры и УЭБиПК подозреваемый приобрел авиабилет в город Москву, однако его попытка выехать за пределы республики была пресечена совместными действиями оперативных сотрудников МВД и следователей Следственного комитета.

28 октября 2016 года по ходатайству следственных органов Якутским городским судом в отношении бывшего заместителя главы города Якутска избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.

Следователями СК осуществляется ряд мероприятий, направленных на установление всех обстоятельств произошедшего. Расследование продолжается.